native client sdkのtoolchain中のディレクトリ、win_x86とwin_x86_newlibはおそらく経過措置として存在していて、0.50から中身は同じになったのではないかと思われる。でもwin_x86_newlibの中身はほぼ空である。なのでwin_x86_newlib中にツールが入っていると想定しているビルドは失敗する。osxやlinuxだとハードリンクとかシンボリック・リンクでやるのだろうけれど、Windowsの方はインストーラがまずいのか私の環境がまずいのかわからないがうまくいっていないようだ。手動でwin_x86_newlibはwin_x86のシンボリック・リンクにしてみた。
mklinkコマンドでやってみた。
H:\native_client_sdk\toolchain>mklink win_x86_newlib win_x86 /D
win_x86_newlib <<===>> win_x86 のシンボリック リンクが作成されました
cygwinのbash上でnaclports中のzlibをビルドしてみたらうまく行った。